История начинается со смертельного столкновения основателей села Скрытого Листа: Хаширами Сенджу и Мадари Учихи. Несколько лет спустя, во время Четвертой Великой войны ниндзя, союзные силы шиноби из деревни начинают бороться, и Наруто Узумаки узнает, что злодей, возглавляемый Акацуки, - это Обито Учиха: считался мертвым лучшим другом наставника Наруто, Какаши Хатак. Обите и его напарник, оживший Мадара Учиха, пробуждают легендарное существо Десятихвостого, чтобы победить силы шинобои. Мятежный Саске Учиха испытывает неудобство из-за своей ненависти к деревне Скрытого Листа и просит оживить лидеров Конохагакуре (Хокаг), чтобы узнать происхождение села. Поняв, что его покойный брат Итачи Учиха и первый Хокаге, Хаширама, боролись, чтобы защитить деревню, несмотря на ожившую команду Сасуке и Хокаге помогают группе Наруто.
Геймплей Ultimate Ninja Storm 4 похож на геймплей предыдущих игр серии, в котором игроки сражаются друг с другом на 3D-аренах. Вернулась функция, отсутствовавшая со времен оригинальной Ultimate Ninja Storm, – возможность бегать по стенам; игроки могут бороться по бокам (стенам) каждой арены. Основным изменением этой функции есть возможность располагать одного персонажа на стене, а другого на поле; второй игрок сначала также перемещался на стену, чтобы сохранить динамику боя и систему контроля. В игре представлено самое большое количество бойцов за историю серии. В ее состав входят 106 бойцов из вселенной 'Наруто', включая дубликаты тех же персонажей, таких как Наруто (часть 1) и Наруто (режим мудреца шести путей). В игру также включены персонажи из фильмов 'Последний: Наруто в кино' (2014) и 'Боруто: Наруто в кино