Історія починається зі смертельної сутички засновників села Прихованого Листа: Хаширами Сенджу та Мадари Учіхі. Декілька років потому, під час Четвертої Великої війни ніндзя, союзні сили шинобі з села починають боротися, і Наруто Узумакі дізнається, що лиходій, який очолює Акацукі, - це Обіто Учіха: вважався мертвим найкращий друг наставника Наруто, Какаші Хатак. Обіте і його напарник, що ожив Мадара Учиха, пробуджують легендарну істоту Десятихвостого, щоб перемогти сили шинобі. Заколотний Саске Учиха відчуває незручність через свою ненависть до села Прихованого Листа і просить пожвавити лідерів Конохагакуре (Хокаг), щоб дізнатися про походження села. Зрозумівши, що його покійний брат Ітачі Учіха і перший Хокаге, Хаширама, боролися, щоб захистити село, незважаючи на ціну, команда Сасуке та Хокаге, що ожили, допомагають групі Наруто.
Геймплей Ultimate Ninja Storm 4 схожий на геймплей попередніх ігор серії, в якому гравці борються один з одним на 3D-аренах. Повернулася функція, яка була відсутня з часів оригінальної Ultimate Ninja Storm, - можливість бігати по стінах; гравці можуть боротися з боків (стін) кожної арени. Основною зміною цієї функції є можливість розташовувати одного персонажа на стіні, а іншого на полі; другий гравець спочатку також переміщався на стіну, щоб зберегти динаміку бою та систему контролю. У грі представлено найбільшу кількість бійців за історію серії. До її складу входять 106 бійців із всесвіту 'Наруто', включаючи дублікати тих самих персонажів, таких як Наруто (частина 1) і Наруто (режим мудреця шести шляхів). У гру також включені персонажі з фільмів 'Останній: Наруто у кіно' (2014) та 'Боруто: Наруто у кіно