Основний ігровий процес полягає у збиранні предметів та перемозі над роботами, що напали на різні райони Бікіні Боттом, при цьому необхідно долати платформи та уникати небезпек, пов'язаних з навколишнім середовищем, таких як шипи та полум'я. У деяких областях необхідно перемогти різних персонажів, оскільки кожен з них має свої унікальні здібності. Гравець може керувати Губкою Бобом, Патріком та Сенді. Для зміни персонажів необхідно знайти автобусну зупинку, при використанні якої поточний персонаж перемикається на іншого, а при повторному використанні - на попереднього, що дає можливість гравцеві мати двох персонажів на кожному рівні. Персонажем за замовчуванням у грі є Губка Боб; Сенді і Патрік не беруть участь у рівнях як грабельні персонажі.
Протягом усієї гри гравець збиратиме блискучі предмети, шкарпетки та золоті шпателі. Блискучі предмети випадають із рук ворогів і розкидані за рівнем, їх можна використовувати для оплати молюсками, щоб просуватися рівнями та відкривати додаткові завдання. Їх також можна обміняти у містера Крабса на золоті шпателі. Шкарпетки знаходяться на рівнях у важкодоступних місцях, і 10 з них можна обміняти у Патріка на золоту лопатку. Золоті лопаточки використовуються для відкриття нових областей у грі, а 75 із них необхідні для битви з фінальним босом.
Новим доповненням до ремейку є розрахований на багато користувачів режим 'Орда', в якому два гравці стикаються з хвилями роботів-ворогів. Режим включає вирізаний контент з оригінальної гри, включаючи бій з роботом Сквідвардом, вирізану версію сну Патріка і вирізану фазу бою Робо-Спонж-Боба.